《魔道祖师 第三季》的故事承接第二季，魏无羡重生后与蓝忘机携手调查金光瑶的阴谋。剧情从莫家庄的献舍开始，逐步揭开金光瑶操控仙门百家、囚禁聂明玦（刘琮配音）残魂的真相，最终在观音庙展开决战。
在大结局（第12集）中：
- 观音庙对决：魏无羡、蓝忘机、江澄、蓝曦臣联手对抗金光瑶。金光瑶试图用阴虎符翻盘，却因聂怀桑的暗中设计与蓝曦臣的最后一击失败。他坦露心声后，死于塌陷的观音庙中。
- 真相揭晓：聂怀桑被暗示为幕后黑手，用“装傻”布局多年复仇成功，但未明说，留下悬念。
- 情感收尾：魏无羡与江澄在莲花坞和解，江澄归还陈情，放下恩怨。魏无羡与蓝忘机在云深不知处告别，随后蓝忘机追上他，两人骑驴共游江湖。
- 结尾画面：镜头定格在魏无羡吹笛、蓝忘机抚琴的背影，夕阳下小苹果（驴子）慢行，配以《无羁》的旋律，象征两人携手仗剑天涯的圆满结局。
结局带来的思考
- 善恶的边界
- 金光瑶既是恶人又是受害者，他的覆灭让人反思：人性是否能在权欲与苦难中保持纯粹？
- 和解与放下
- 江澄与魏无羡的释怀、蓝曦臣的痛苦选择，启发思考：在失去与背叛后，如何找到内心的平静？
- 爱与陪伴的意义
- 魏无羡与蓝忘机从“知己”到“道侣”的陪伴，暗示爱不仅是轰轰烈烈，更是一种无声的支持，令人思索：真正的爱是什么模样？
- 命运与选择的交织
- 聂怀桑的隐忍复仇与魏无羡的坦然归隐，反映了命运无常与个人选择的对立：我们是否能真正掌控人生？